The InBIO Barcoding Initiative Database: Taxonomic notes on Portuguese Microlepidoptera II. Cochylimorpha punctiferana (Ragonot, 1881)

Occurrence
Dernière version Publié par CIBIO (Research Center in Biodiversity and Genetic Resources) Portugal le janv. 5, 2021 CIBIO (Research Center in Biodiversity and Genetic Resources) Portugal

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Description

The dataset contains one record of the species Cochylimorpha punctiferana (Ragonot, 1881) (Lepidoptera, Tortricidae) collected in continental Portugal in 2016.The study of this specimen resulted in the resurrection of the Portuguese endemic species C. punctiferana from synonymy with C. discopunctana (Eversmann, 1844) based on clear differences in female genitalia and DNA barcode by Corley et al. (2020). A tissue sample, one leg, was removed to be used for DNA extraction. Sequencing of the 658 bp COI DNA barcode was conducted within the InBIO Barcoding Initiative (IBI) and the DNA sequence was submitted to BOLD (Barcode of Life Data System) and GenBank databases. The preserved specimen and DNA extract are deposited in the IBI collection at the CIBIO (Research Center in Biodiversity and Genetic Resources).

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 1 enregistrements.

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Versions

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Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Corley M, Ferreira S, Sousa P, Beja P (2020): The InBIO Barcoding Initiative Database: Taxonomic notes on Portuguese Microlepidoptera II. Cochylimorpha punctiferana (Ragonot, 1881). v1.0. CIBIO (Research Center in Biodiversity and Genetic Resources) Portugal. Dataset/Occurrence. https://doi.org/10.15468/4u34gh

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est CIBIO (Research Center in Biodiversity and Genetic Resources) Portugal. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 3f23468a-fdd7-4327-8178-5bafc023eb40.  CIBIO (Research Center in Biodiversity and Genetic Resources) Portugal publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du GBIF Portugal.

Mots-clé

Lepidoptera; Species; Occurrence; Cytochrome c oxidase I (COI); DNA barcode; Continental Portugal; Occurrence

Contacts

Martin Corley
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Créateur
  • Researcher
  • Pucketty Farm Cottage
SN7 8JP Faringdon
Oxfordshire
GB
Sónia Ferreira
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Créateur
  • Personne De Contact
  • Post-Doc Researcher
CIBIO-InBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Universidade do Porto
  • Campus Agrário de Vairão, Rua Padre Armando Quintas, nº 7
4485-661 Vairão
Porto
PT
  • +351 252660411
Pedro Sousa
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Post-Doc Researcher
CIBIO-InBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Universidade do Porto
  • Campus Agrário de Vairão, Rua Padre Armando Quintas, nº 7
4485-661 Vairão
Porto
PT
  • +351 252660411
Pedro Beja
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Créateur
  • Personne De Contact
  • Coordinating Researcher
CIBIO-InBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Universidade do Porto
  • Campus Agrário de Vairão, Rua Padre Armando Quintas, nº 7
4485-661 Vairão
Porto
PT
  • +351 252660411
Pedro Sousa
  • Fournisseur Des Métadonnées
  • Coordinating Researcher
CIBIO-InBIO, Centro de Investigação em Biodiversidade e Recursos Genéticos, Universidade do Porto
  • Campus Agrário de Vairão, Rua Padre Armando Quintas, nº 7
4485-661 Vairão
Porto
PT
  • +351 252660411

Couverture géographique

Continental Portugal.

Enveloppe géographique Sud Ouest [40,326, -7,573], Nord Est [41,766, -6,902]

Couverture taxonomique

This dataset is composed of one specimen identified as Cochylimorpha punctiferana (Ragonot, 1881) (Lepidoptera, Tortricidae), a moth species.

Kingdom Animalia
Phylum Arthropoda
Class Insecta
Order Lepidoptera
Family Tortricidae

Couverture temporelle

Date de début 2016-04-24

Données sur le projet

The InBIO Barcoding Initiative aims to develop a reference collection of DNA barcoding sequences covering Portuguese invertebrate taxa. Within the project, a special focus is afforded to insects, given their relevance to food webs, ecosystems functioning, high diversity and limited number of DNA barcoding sequences of interest.

Titre The InBIO Barcoding Initiative Database: Taxonomic notes on Portuguese Microlepidoptera II. Cochylimorpha punctiferana (Ragonot, 1881)
Identifiant InBIO Barcoding Initiative
Financement InBIO Barcoding Initiative is funded by the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation programme under grant agreement No 668981 and by the project PORBIOTA — Portuguese E-Infrastructure for Information and Research on Biodiversity (POCI-01-0145-FEDER-022127), supported by Operational Thematic Program for Competitiveness and Internationalization (POCI), under the PORTUGAL 2020 Partnership Agreement, through the European Regional Development Fund (FEDER).
Description du domaine d'étude / de recherche A single specimen was collected in Vale da Porca, Macedo de Cavaleiros, part of the Bragança district of Continental Portugal, in 2016.
Description du design The specimen in this dataset was collected in a single locality in Continental Portugal.

Les personnes impliquées dans le projet:

Méthodes d'échantillonnage

The Cochylimorpha punctiferana specimen was captured in continental Portugal in 2016. The captured specimen was preserved in 96% ethanol and stored at the InBIO Barcoding Initiative reference collection for downstream molecular analysis. The collected specimen was morphologically identified.

Etendue de l'étude A single specimen was collected in Vale da Porca, in Continental Portugal, in 2016.
Contrôle qualité The DNA barcoded specimen morphological identification was contrasted with the results of the Blast of the newly generated DNA barcode in BOLD Identification Engine. Prior submission to GBIF, data was checked for errors and inconsistencies with OpenRefine 3.3 (http://openrefine.org/).

Description des étapes de la méthode:

  1. The Cochylimorpha punctiferana specimen was captured in a single locality of continental Portugal, in 2016.
  2. The captured specimen was preserved in 96% ethanol.
  3. The specimen was morphologically identified using a binocular stereoscopic microscope and resorting to available literature (CORLEY & FERREIRA, 2020; KENNEL, 1908-1921, 1913; RAGONOT, 1881; RAZOWSKI, 1970; RAZOWSKI, 2002, 2009).
  4. A DNA barcode was sequenced from a tissue sample, one leg, that was removed. DNA was then extracted, and a 658 bp COI DNA barcode fragment was amplified and sequenced.
  5. The obtained sequence was submitted to BOLD and GenBank databases and the specimen morphological identification was contrasted with the results of the BLAST of the newly generated DNA barcode in BOLD Identification Engine.
  6. Prior submission to GBIF, data was checked for errors and inconsistencies with OpenRefine 3.3 (http://openrefine.org/).

Données de collection

Nom de la collection InBIO Barcoding Initiative
Identifiant de collection 4ec2b246-f5fa-4b90-9a8d-ddafc2a3f970
Identifiant de la collection parente CIBIO (Research Center in Biodiversity and Genetic Resources) Portugal
Méthode de conservation des spécimens Alcohol
Unités de conservation Entre (nombre minimal) 1 et (nombre maximal) 1 Voucher tube ,  Entre (nombre minimal) 1 et (nombre maximal) 1 DNA extractions

Citations bibliographiques

  1. CORLEY, M. F. V. & FERREIRA, S., 2020. Taxonomic notes on Portuguese Microlepidoptera II. Cochylimorpha punctiferana (Ragonot, 1881) stat. rev., a neglected Portuguese species (Lepidoptera: Tortricidae). SHILAP Revista de Lepidopterología, 48 (189): 147-151.
  2. KENNEL, J., 1908-1921. Die palaearktischen Tortriciden.– Zoologica, 21(54): 1-742.
  3. KENNEL, J., 1913. Die palaearktischen Tortriciden 3.– Zoologica, 21(54): 233-397.
  4. RAGONOT, E. L., 1881. Notes on the entomology of Portugal. IV. Lepidoptera (continued). Micro-lepidoptera (except Tineina) collected by the Rev. A. E. Eaton in 1880 with descriptions of new species.– Entomologist’s Monthly Magazine, 17: 229-233.
  5. RAZOWSKI, J., 1970. Cochylidae.– In H. G. AMSEL, F. GREGOR & H. REISSER, (Eds.). Microlepidoptera Palaearctica, 3: XIV - 528 pp., 161 pls. Verlag Georg Fromme & Co. Wien.
  6. RAZOWSKI, J., 2002. Tortricidae of Europe. Olethreutinae, 2: 319 pp. Frantisek Slamka, Bratislava.
  7. RAZOWSKI, J., 2009. Tortricidae of the Palaearctic Region. Cochylini, 2: 1-195 pp. Frantisek Slamka, Bratislava.

Métadonnées additionnelles

Objet

The InBIO Barcoding Initiative (IBI) aims to develop a reference collection of DNA barcoding sequences primarily covering Portuguese invertebrate taxa providing a tool in ecological studies.

Identifiants alternatifs 3f23468a-fdd7-4327-8178-5bafc023eb40
http://ipt.gbif.pt/ipt/resource?r=ibi_lepidoptera_cochylimorph